在刚开始设计在线系统时，有的客户会采用ISO 14644的洁净室验证的方式来选择采样点数和采样位置，即通过面积开根号的方式来选择点数和洁净室均匀分布来设立采样位置。这种方法是明显的把洁净室验证和监测混淆了。在线动态监测的目的是为了全过程的监督整个生产过程中环境发生的任何变动，干扰或者恶化，以便于我们能够对这批药品的生产过程做到心中有数，可以让消费者放心使用药品。因此，我们在线监测的采样位置基本上都放在风险最高，最容易收到污染的暴露位置，如药品暴露位置，容器暴露位置，生产暴露位置。通过对生产工艺的风险评估，我们就能找出这些位置，将粒子和微生物的采样探头安装于这个位置。
   我们看采样粒子监测高度的选择，FDA有要求，粒子采样探头的位置应当在关键点位置的一英尺之内。比较有经验的检查官经常随身带着一把尺子，他会来现场测量距离，如果超出，他就会对此发表异议。为什么是一英尺？我们知道粒子采样探头不能放在关键点正上方，虽然这是位置是最反映关键点的环境状态的，但是关键点还是需要正上方的空气来保护关键点生产的。我们也不能把粒子探头放在太靠近关键点的位置，因为关键点的生产操作可能会产生很多粒子，可能是液体或粉末原材料，也可能是灌装机摩擦产生的粒子。我们的粒子系统没有必要看这些正常生产产品的粒子，这些数据会干扰我们对于环境监测的判断，因此，我们一般都放在距离关键点稍远一些位置。而一英尺的距离正好是一个高效过滤器的宽度，这个位置的选择正好能够是我们了解到同一片层流环境的关键点发生的情况。当然，我们粒子的采样高度是离关键点越近越好，但同时也要考虑到不要受到生产产生的粒子的影响，以及不要对正常生产造成干扰。当我们的药品进行到一些特殊工艺，如粉末灌装，安瓿瓶溶封或者轧盖位置，粒子探头在关键工艺点的一英尺的距离还可能会受到干扰，无法正常监测环境。我们就可以在风险评估之后，加长加高位置或者改变监测方式，如生产前后监测，中间不测。
   我们再看浮游菌监测高度的选择，由于微生物浮游菌是粘附在粒子上，或者有些芽孢是独立浮游在空气中的，我们不需要担心生产过程会有微生物产生。因此，我们的浮游菌采样头一般都靠近关键点，与关键点等高或稍高的位置来安装。这样的话，我们经常会在一个项目上看到，粒子探头和浮游菌的采样头两者呈现一个高低的安装方式，粒子探头稍高，而浮游菌采样头稍低。